Website Jaring.id mengalami serangan DDoS pada Selasa, 26 Agustus 2025.Peretasan terdeteksi terjadi sekitar pukul 18.45 WIB. Saat itu, redaksi tidak bisa mengakses website tersebut, dan tertera tulisan di layar; "Situs ini sedang dalam perbaikan".
Tim IT Jaring kemudian mencoba meningkatkan keamanan website tersebut.
Setelah Website tersebut bisa Kembali diakses, Tim IT Jaring melaporkan ada serangan ke Index yang spesifik mengarah ke link laporan investigasi berjudul "https://jaring.id/main-catut-nama-sampai-daur-ulang-artikel-ilmiah/" serta laporan terkait yang berjudul "https://jaring.id/simalakama-perburuan-gelar-guru-besar/".
Laporan investigasi tersebut merupakan laporan kolaborasi antara Jaring, Tempo dan Conversation Indonesia. Laporan tersebut terbit pada 22 April 2024.
Ada pesan yang terkirim ke admin website tersebut yang meminta laporan soal pelanggaran jurnal ilmiah yang dilakukan seorang akademisi di kampus ternama dihapus. "Saya mau hapus artikel ini yang dibuat oleh penulis, dan ini tidak benar adanya" begitu bunyi pesan tersebut.
Setelah Tim IT meningkatkan keamanan, website Jaring.id kembali pulih dan bisa diakses.