Ancaman kekerasan, teror dan peretasan dialami jurnalis dan media yang tergabung dalam IndonesiaLeaks (IL). Ancaman teror, dan peretasan dialami jurnalis dan media tim IndonesiaLeaks yang dihimpun AJI diantaranya; Sebanyak 4 orang mengaku dari Polda Metro Jaya dan Polres Jakarta Selatan. Mereka telah mengikuti narasumber dan jurnalis IndonesiaLeaks saat berada di kantor Tempo, pada Jum’at 28 Mei 2021. Beberapa orang tak dikenal memfoto jurnalis Indonesia Leaks, saat melakukan wawancara dengan narasumber di Café Malik And Co, Sabang, Senin, 31 Mei 2021.
Selain itu, ada upaya peretasan website IndonesiaLeaks, Jum'at 28 Mei 2021. Selain itu, ada tindakan penghapusan thread yang dibuat oleh akun sosial media Indonesia Leaks di Twitter, pada Minggu, 6 Juni 2021. Juga ada upaya mengambil alih akun Instagram Tempo.co, pada Senin, 7 Juni 2021. Kemudian ada pesan WA mencurigakan dari nomor tidak dikenal ke koordinator tim liputan investigasi beberapa media, sebelum naskah IndonesiaLeaks terbit, pukul 03.44 Wib, Minggu 6 Juni, yang menggunakan akun bisnis.
Kolaborasi sejumlah media dalam IndonesiaLeaks, awal pekan ini, telah menerbitkan liputan investigasi terkait dugaan pimpinan Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) yang telah lama, membuat daftar nama 75 pegawai KPK, untuk disingkirkan melalui Tes Wawasan Kebangsaan (TWK).
Laporan investigasi tersebut menulis bahwa TWK, diduga dirancang sejak awal, untuk membuang pegawai yang berseberangan dengan pimpinan KPK. Karena proses penyusunan peraturan tentang tes tersebut juga janggal, dengan metode dan ukuran kelulusan TWK yang tidak jelas parameternya. Daftar nama 75 pegawai tersebut, dijelaskan sudah ada jauh sebelum ide TWK muncul belakangan, saat pembahasan akhir peraturan komisi (Perkom) ihwal alih status pegawai KPK menjadi Aparatur Sipil Negara (ASN).
Peran ketua KPK, Firli Bahuri disebutkan cukup kuat, untuk memaksa ketentuan soal tes wawasan kebangsaan dalam aturan tersebut. Draft aturan tersebut kemudian dibawa ke Kementerian Hukum dan HAM, untuk diundangkan.
